2015年9月，学校颁布《医学教育管理体制改革实施方案》，重构齐鲁医学部管理架构，成立中共山东大学齐鲁医学部工作委员会，进一步加强对医学教育的组织领导。齐鲁医学部党政管理机构及主要职能如下：

（一）医学部党政办公室

主要职能：统筹制定医学事业中长期发展规划；负责医学部党工委日常工作；负责医学部文件、档案、印信、会议及有关大型活动的管理与服务工作；负责医学部对外联络与服务工作；负责医学部综合协调、督办落实、信息服务工作；负责医学教育理事会建设及日常工作；负责趵突泉校区有关工作的协调与服务；完成学校和学部交办的其它工作。

（二）政工处

主要职能：统筹负责医学部组织、宣传、统战、纪检、群团等党群工作。

（三）医学人事处

主要职能：负责医学学科师资队伍和人才队伍建设规划与实施；医学学科高层次人才培养和引进；医学学科岗位招聘、岗位聘用、考核、调整；医学学科人才评价与业绩考核及岗位津贴标准的制定；医学学科荣誉体系建设与管理；医学学科相关人员人事信息的管理和维护；完成学校和学部交办的其它工作。

（四）医学教务处

主要职能：统筹医学本科专业建设工作；协调、组织和指导医科各学院修订和实施本科专业培养方案；负责组织制定医学教学管理有关规章制度，并监督实施；负责医科本科教学日常运行管理、教学质量监督和本科基本教学条件建设；负责组织论证和实施医科本科教育教学重大改革计划；组织、指导和支持医科教师申报和实施各级各类教育教学改革项目；负责医科大学生创新创业训练计划项目的组织实施；负责医科教学促进和教师发展以及教育教学荣誉体系建设；负责医科教育教学信息化建设；完成学校和学部交办的其它工作。

（五）医学科研与国际交流处

主要职能：负责医学科研发展规划制定和实施；负责医科各类研究项目、科研成果和科研奖励组织申报与管理；负责医科各类科研基地和公共科研平台组织、建设与管理；负责医学类科研项目的管理、组织与实施；负责组织、协调医学部大型学术交流活动，协助管理挂靠学校的医学学术团体；负责医学学术委员会日常工作；负责医学学科国际合作与交流、外国专家聘任、对外合作办学项目的统筹实施工作；负责协调组织由医学部主办或承办的国际医学学术会议、工作会谈以及外事接待活动；负责医学部短期出国留学人员审核、报批和管理；完成学校和学部交办的其它工作。

（六）医学研究生处（含学科建设）

主要职能：负责医学学科研究生招生专业目录计划的制定，研究生招生宣传及咨询，试题库建设及招生复试工作；制（修）订医学类研究生培养方案、教务管理、学籍管理、课程建设、教材建设、培养过程的监控与质量评估、中期考核（筛选）及毕业资格审核、研究生培养基地建设等工作；负责医学类博士及硕士学位的授予审核、博士生及硕士生指导教师遴选、博士及硕士学位授权点评估建设及规划、学位论文评估及学位授予质量评估；负责同等学力人员、在职人员申请学位的各项工作；负责研究生课程班、外单位人员来我校进修研究生课程等有关管理工作；负责医学学位委员会日常工作；负责医学学科发展规划和学科建设工作；协调实施“一流大学与一流学科建设工程”、医科建设规划、监督检查和评估验收的组织工作；完成学校和学部交办的其它工作。

（七）医学财务与资产管理处

主要职能：按照学校财务预算，负责统筹医科经费二级预算与使用管理；负责医学部运行经费预算与使用管理；统筹医学公用房产、设施设备使用与管理；负责医学教学、科研、行政所用大型仪器设备配置计划论证、开放共享及使用效益考核管理；完成学校和学部交办的其它工作。

（八）医学继续（网络）教育中心

主要职能：统筹负责有关医学继续教育、网络教育和非学历教育工作；完成学校和学部交办的其它工作。

（九）医院管理处

主要职能：负责与国家卫生计生委等各级卫生行政部门的联系、协调及相关卫生政策的贯彻落实；负责学校非隶属附属医院及教学医院的申报、资格认定、监督检查工作；监督、检查各附属医院对学校决策、决议、决定的贯彻落实；协调做好学校与各级卫生行政主管部门的联络工作；负责临床实践教学工作；完成学校和学部交办的其它工作。