抗战时期，全国上下水深火热，齐鲁医院也未能幸免，被日军侵占，受损严重。又及内战，恢复缓慢。1951年5月，该院曾名为齐大医学院附属实习医院。1952年10月，院系调整后，成为山东医学院的附设教学医院，名为“齐鲁医院”。

医院被迫停办

1937年7月7日，抗日战争爆发，韩复榘奉行蒋介石的不抵抗主义，为保存实力而弃城南逃，同年12月22日济南陷于日本侵略军之手。齐鲁大学医学院随校南迁四川成都，齐鲁医院仍在原址照常开诊，医学院未走的人也都集中到医院中。这时医院的诊疗工作较往日更繁忙。在济南长期停电过程中，医院手术室、X光室等关键部门均有自行装制的发电设备保证供电以应付急需。院长虽为英籍人普瑞格，但医院秩序仍得不到保证，在1938-1941年间日本宪兵队、特务经常到医院内搜捕反日人员，以致医护员工惶惶不安，业务也大受影响。

1941年12月8日，太平洋战争爆发，英、美对日宣战，1942年1月，齐鲁大学所有建筑及校园全被日军侵入占用，成了日军仁字部队司令部，齐鲁医院改为日本陆军医院。英、美等外籍人员除大部分回国或逃出而辗转到成都齐大任教外，余均被日军俘虏，押送潍县集中营。

不久，日伪市政府在济南皇华馆成立市立医院，原齐鲁医院大部分职工和重要仪器设备（如X线机、电疗器、手术台、显微镜等）均被移入市立医院，齐鲁医院被迫停办。

整顿恢复，私立变国有

1945年8月15日，抗日战争胜利，饱受战争苦难的中国人民刚战胜了外敌，又遭到了国民党反动派发动的内战祸乱，大伤元气的齐鲁医院也始终未能得到进一步的发展。

抗战胜利时，整个齐鲁大学都成了日本的军医院，内有1200多名受伤或生病的士兵和600多军官。医院损失最为惨重，除病床外，所有设备几乎全都遭到破坏和损失。

1946年1月，齐大医学院随校迁回济南，院长杜儒德与国民党当局洽谈复院工作，齐鲁医院又从市立医院撤回人员和设备，在原址恢复业务工作。当时最要紧的工作即为募集捐款、购置医院用品。因物价高涨，经济困难，募集亦颇不易，且因交通梗阻，除空运，几无他法。最先获得的援助为加拿大红十字会在手术室设备上的捐赠。

1946年3月，美国红十字会捐助2500万美元。10月又捐2300万美元，均作为修缮费；万国红十字会亦捐1000万美元为普通修建之用，再捐600万美元为护士学校专用，救济总署捐款购置了250张病床设备，政府教育部为配合此项设备迅速启用，亦汇款一亿元，专为修建医院之用。此外，救济总署还派大夫来院协助恢复工作，公谊救护队也派大夫来短期服务，总算应付了急需。各科门诊于当年7月正式开诊，病房只开放新医院的100张病床，全院工作人员共百人左右，业务逐渐展开，病人随之增加。

医院安顿后，院长由英人希荣德担任，同年7月更换为赵常林教授。1947年7月，赵院长出国进修一年，希荣德又代理院长职务至1948年8月赵常林回国。整个解放战争期间，齐鲁医院并未停诊，战争中还给国民党军队的伤兵治疗。

抗美援朝战争中，从1951年7月至1952年底，约一年半左右，齐鲁医院除发动医护员工捐献财物、组织抗美援朝医疗队及手术队外，遵照省卫生厅、民政厅的指示，以整个共合楼病房设立150张床位接受治疗志愿军和解放军伤病员。民政厅派来专门负责此项工作的干部邢山留齐鲁医院工作，开始任伤病员党支部的书记，后来组织新参加医院工作的几位中共党员，于1951年底成立医院第一个党小组，属中共齐鲁大学支部领导，邢山、孙乐武任党小组长。他们为扩大人民政府和党的影响做了大量艰苦细致的调查了解、政策宣传和思想教育工作，保证了医院的稳定和伤病员的治疗、康复，为政府的顺利接收打下了良好的思想基础和组织基础。

1952年10月，全国高等院校进行院系调整，齐鲁医院正式由人民政府接管，性质由教会办的私立医院转变为全民所有制的国家医院。

次年改称山东省立第二医院，1957年改称山东医学院附属医院，1985年改为山东医科大学附属医院。

（据《山东大学齐鲁医院志》）