1966年6月至1976年10月的“文化大革命”给国家和人民造成中华人民共和国成立以来最严重的挫折和损失。山东医学院在这十年中同样遭到了灾难性破坏，对学校的发展造成了不可估量的损失。

派别林立，群众组织掌权

   1966年6月2日中央人民广播电台广播了北京大学聂元梓等人的大字报，这张大字报成了全国高校乃至全国动乱的种子。6月5日在山东医学院校园内贴出了第一张大字报，在一两天内大字报猛增，6月15日出现了所谓“揭开山东医学院院长王哲的盖子”的大字报，正常的教学秩序被打乱。

   6月17日中共山东省委向山东医学院派出了以文道宏为组长的工作组，协助山东医学院党委领导“文化大革命”运动，院党委成立了“文化革命领导小组”，6月20日院党委“文化革命领导小组”向省委写了所谓“关于揭露王哲反党反社会主义罪行的报告”，同日晚举行了全院党员大会，公开提出了要批判院长王哲、副院长方春望。

   6月27日，高教部发出通知，暂停1966、1967年的研究生招生，28日高教部又发出通知，提出高等学校1966年一律不放暑假，留校开展“文化大革命”，山东医学院开始出现不同观点的大字报和不同观点的辩论，7月12日，山东医学院发生了冲击学校档案室事件，查找所谓“黑材料”，党委这时已无法控制局势，工作组也被指责“执行了资产阶级反动路线”。8月2日，山东省委撤出在各高校的工作组，此时，运动处于无政府状态。8月5日成立“文化革命委员会筹委会”作为运动的领导机构。8月8日晚中央人民广播电台广播了“中共中央关于无产阶级文化大革命的决定”（即16条）。8月9日晚山东医学院召开了全院大会庆祝16条的公开发表，并举行游行。8月18日，毛泽东等在天安门城楼接见各地的群众和红卫兵，从此，红卫兵运动风起云涌。山东医学院各派群众组织纷纷成立，派别林立，互相争斗。

   1967年1月24日，在“上海一月风暴”的煽动下，毛泽东主义红卫兵宣布夺权，2月3日“山东省无产阶级革命造反派大联合革命委员会”夺了山东省委、省人委的权，23日改名为“山东省革命委员会”，“山东医学院毛泽东主义红卫兵”作为“红卫兵山东指挥部”的成员单位参加了山东省的夺权。3月4日，宣布成立了“山东医学院革命委员会”。

   山东医学院清理阶级队伍是从1968年4月开始的，也是1968年9月9日工宣队进校后抓的第一件事。1968年10月12日，山东工人驻山东医学院毛泽东思想宣传队指挥部发出了“关于深入开展革命大批判，彻底清理阶级队伍”的决定，决定中指出：“这次清理阶级队伍以两个队伍（干部队伍、教师队伍）和两个黑班底（旧齐鲁大学、原党委）为重点，进行全面清理，要把隐藏在山东医学院各个角落的特务、叛徒、死不改悔的走资派和其他反革命分子全部挖出来，把他们批倒、批臭、彻底肃清其流毒”。他们置党纪国法于不顾，私设公堂和监狱，肆意进行人身摧残。据不完全统计，全院有400余人受到批斗，很多人遭到毒打和折磨，有的则被迫害致死。

到农村办学，停止招生

   1967年2月，山东省革委响应党中央、国务院的号召，采取下文件、发社论、召开会议等措施，要求停止串联，一律返回本校复课闹革命。由此，学生相继返校，但因又搞所谓“反逆流”，复课闹革命一直没能落实，直到1967年7月6日山东医学院才召开了“复课闹革命誓师大会”，所谓“复课”并不是复“业务课”，而是复“毛泽东思想”，复“文化大革命”的课，1967年11月3日《人民日报》在发表同济大学等3个教育革命初步方案的按语中引用了毛泽东的指示“进行无产阶级教育革命，要依靠学校广大革命的学生、革命的教员、革命的工人，要依靠他们中间的积极分子，即决心把无产阶级文化大革命进行到底的无产阶级革命派”，这个指示一发表，山东医学院和全国其他学校一样开始了“教育革命”。

   山东医学院革命委员会对“教育革命”闻风而动，于1967年11月3日成立了一支“六·二六教育革命探索队”，到山东省兖州县农村办学。1967年11月20日山东医学院成立了“六·二六公社”，根据1967年11月3日制订的“山东医学院六·二六公社方案（草案）”称：“她是一个教学与医疗、医疗与预防、防治与科研、医与护、中医与西医相结合的统一体的新型医疗卫生教育体制”。1968年9月9日工人毛泽东思想宣传队进驻山东医学院，占领上层建筑，领导学校的斗、批、改。12月1日，将全院师生员工除后方留守人员外，全部编成营、连、排，下楼出院，徒步到兖州、邹县农村办学，当时把在校的三个年级编成三个营，教师、干部、工人、医护人员分编到各营，并设立了直属连，即“六·二六教育革命探索队”。此外，还成立了一个“五七干校”。经半年余，实在难于维持，于1969年7月返回济南校园。

   在1966～1970年的5年间，学校停止了招生，1967年分配了1961级毕业生，1968年分配了1962级毕业生，1970年分配了1963、1964、1965三个年级的学生，至此，山东医学院没有在校生。

两校合并农村，恢复招生

1970年7月，在林彪“第一号命令”和北京市高等学校外迁的影响下，中共山东省革委核心领导小组决定对全省高等学校进行撤并搬迁，当时的原则是贯彻“五七”指示，“面向农村、面向工矿、面向工农”，“实行开门办学”，“从战争和社会主义革命、社会主义建设的实际需要出发，适当调整合并，缩小规模，分散到厂矿或农村办学”。在这个原则指导下，决定山东中医学院与山东医学院合并，组建新的山东医学院，并搬迁到泰安地区新泰县楼德镇办学，校址设在原泰安农校。两校仓促合并后于9月28日至10月17日分三批先后到达楼德镇，在济南的山东医学院成立留守处，附属医院仍留在济南。当时山东医学院下设四个大队，一大队在枣庄市，二大队在曲阜县，三大队在新汶县，四大队与院本部在楼德镇。

   1970年11月20日恢复招生，根据新的招生原则，采取“自愿报名、群众推荐、领导批准、学校复审”的办法，废除了入学统考。1971年共招生1069名，3月10日前后分别在枣庄、曲阜、新汶、楼德四个大队报到。新生按军事编制，大队下设连、排、班。经过入学教育后，5月10日正式上课，除医疗专业外，还有中医专业连，药学专业连。3月27日山东省革委政治部将原山东中医学院附属医院改名为“山东医学院附属中医院”。

农村办学不久，在教学中遇到了一系列问题，1972年3月1日，山东医学院向山东省革委政治部核心组做了汇报，提出的主要问题有：招生数额过大，在农村分散，点多线长，摊子大，条件差，人力物力分散，基建跟不上，基础课脱离实验，临床课脱离医院，加以学员文化程度不齐，给教学带来困难，难以保证质量。同时提出了“收缩战线，保证重点，搞好教学科研工作，充分改造和利用济南现有教学基地，上下结合，互相补充，平战结合”的建议。

山东省革委政治部核心小组原则批准了以下几个问题：在坚持立足农村，开门办学的前提下，克服暂时困难，同意收缩战线，相对集中，基础课恢复教研组；上下结合、城乡结合，济南原有的教学基地可以改造利用；成立药学系、中医系、定点在济南，基本建设重点放在楼德。根据这些意见，山东医学院调整压缩了1972年的招生数量，实际招生400人，全部集中在楼德。1972年11月3日，撤销4个大队，恢复教学建制，设药学系、中医系、基础部、临床部和进修部。

1973年下学期，在教学困难重重，无法维持的情况下，山东医学院党的核心小组决定把主要力量撤回济南，中医系、药学系迁回济南上课。

1974年学校迁回济南后，本应稳定教学秩序，狠抓教学质量，但又随之而来了“批林批孔”运动，加之在教育战线又出现了“朝农经验”（辽宁省朝阳农学院在农村分散办学的经验）和“白卷英雄张铁生”事件，对初步整顿的教学秩序进行了冲击，“反回潮”、“反潮流”的错误思想泛滥，各地纷纷树立“双潮流”的典型，《大众日报》对山东医学院1975届学生孙玉兰申请毕业后不拿工资回家当赤脚医生予以典型报导。

   为了贯彻毛主席提出的“从有实践经验的工人农民中间选拔学生，到学校学几年后，又回到生产实践中去”的指示，山东医学院在1975年招收“社来社去”100人，即泰安地区50名，德州地区50名，1976年在“反击右倾翻案风”的形势下，在开教育革命大辩论中充分肯定了“三来三去”即“社来社去”、“厂来厂去”、“哪来哪去”的制度。实验较多的医学基础课在校内上，实践性较强的医学专业课到农村基层上，结合医学基础课和临床课的教学，组织学生回所在社队或农村卫生、合作医疗工作开展好的县、公社、大队进行实践。临床实习课在济南教学医院进行。如1976年9月医学专业曾安排在长清县医院、齐河县医院、历城县市立三院和莘县董杜庄大队四个教学点；药学专业安排在泰安、历城县、淄博等地进行教学。但到这些学生毕业时，教育战线拨乱反正，对他们进行了毕业分配。

   1975年山东医学院与山东中医学院分开。山东中医学院回原校址。在校的中医专业七三、七四、七五年级共350名工农兵学员到中医学院学习，同时山东医学院撤销中医学专业。

在困难条件下办学

   “文化大革命”中山东医学院干部、教师被批斗，教学科研倍遭破坏，但在困难条件下，广大干部、教师、工人冒风险、顶压力，克服重重困难，做了大量工作。

   1970年10月山东中医学院与山东医学院仓促合并搬迁到新泰县楼德镇后，尽管条件很差，不具备办学条件，但广大教职员工亲自动手修缮房屋，填坑修路，校社挂钩参加劳动，进行紧张的劳动建校。

为了保证培养的学生尽可能的多学一点知识，教师们不顾所谓“穿新鞋走老路”的压力，给学生补习文化课和基础知识，并在当时的特殊情况下，为了保证学员尽可能多掌握一点为人民服务的本领，重点抓了教材建设，如在1972年编写了物理、化学、数学文化补习教材，据1973年3月份基础部的统计，当时编写教材19种，修订教材16种。

在全校师生员工的共同努力下，从1971年到1976年共招收了6届学生，这些学生经过三年的学习打下了一定的基础，经过以后在工作实践中的锻炼提高，有不少同学取得了好成绩。

   在“文化大革命”中，科研工作存在一系列困难，正如1972年5月4日学校在给卫生部军管会的“科研工作简要汇报”中反映的，在思想上有三怕（怕说搞科研是业务挂帅，怕认为是追求名利，怕摆弄贵重仪器说是不革命），在工作上经费得不到解决，科技情报闭塞。虽然情况如此，但在广大教师的努力下，还是开展了一些研究，如1974年共有55个课题，其中国家和省订项目30项，自选课题25项。